beberapa jenis bakteri dan semua bakteri hijau bersifat fotosintetik
bakteri, fungi,Protozoa dan algae ditempat dalam satu kingdom yang disebut prokayota(prokariota),sementara binatang dan tumbuhan masuk dalam kingdom eukariotae(eukariota). para ahli diagnostik mikrobiologi secara traditional membagi bakteri kedalam 3 kelas:
famili(mikrococcaceae)
genus(staphyloccocus)
species(staphylococcus aureus)
Nomenklatur seperti halnya tumbuhan,bakteri menggunakan juga 2 nama,yaitu nama genus yang di mulai dengan huruf besar,sedangkan nama species di mulai dengan huruf kecil,misalnya mycobacterium tuberculosis. baik genus maupun species harus dicetak miring atau digaris bawahi(M.tuberculosis) dan jika disingkat maka hanya huruf awal dari genus yang ditulis kemudian nama species,misalnya S.aureus nam genus yang diikuti oleh kata "species"(staphylococcus species) berarti menunjukkan genus secara keseluruhan atau genus tersebut tidak dapat dispesifikasi.species dapat disingkat menjadi sp(tunggal) atau spp(jamak),misalanya bacillus sp.jika bakteri menunjukkan suatu grup,maka penulisannya selalu huruf kecil dan tidak digaris bawahi atau dicetak miring (steptococci)
Klasifikasi berdasarkan fenotipe dan genotipe cara lain menempatkan organisme kedalam genus dan species tertentu adalah berdasarkan persamaan dari semua anggota untuk sejumlah karakteristik fenotipnya. para ahli epidemiologi membagi species bakteri kedalam subspecies berdasarkan perbedaan fenotipenya (subspecies dapat disingkat menjadi subsp),serovarietas berdasarkan perbedaan serologis nya(serovarietis dapat disingkat menjadi serovar)biovarieties berdasarkan perbedaan hasil tes biokimianaya (biovarietas dapat disingkat menjadi biovar). untuk keperluan tertentu phage ty[ing sering pula digunakan yaitu berdasarkan atas kepekaan bakteri terhadap bakteriofag
